Окончила Академию Русского балета им. А. Я. Вагановой в 2001 году и в том же году поступила в труппу Мариинского театра. C 2012 года — прима-балерина.

В 2006 году Екатерина Кондаурова стала лауреатом премии Benois de la Danse, в 2008 году — лауреатом высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» в номинации «Лучшая женская роль в балетном спектакле» за роль Альмы в спектакле «Стеклянное сердце», в 2010 году — за роль Анны Карениной в одноименном балете, в 2018 году — за главную партию в балете «Времена года».

В 2011 году стала лауреатом национальной театральной премии «Золотая маска» в номинации «Лучшая женская роль в балетном спектакле» за исполнение партии Анны Каренины в балете «Анна Каренина», а также получила приз журнала «Балет» «Душа танца» в номинации «Звезда» (2011). В 2020 году была удостоена звания «заслуженной артистка России».